Oltre ai suoi innumerevoli vantaggi, l’e-ticket presenta anche alcuni svantaggi.
Un problema informatico potrebbe per esempio cancellare la prenotazione o qualsiasi altra informazione relativa al passeggero. Molti network sono provvisti di sistemi di backup per evitare questa evenienza, i passeggeri per di più stampano il proprio biglietto, ma rimane comunque pur sempre la possibilità che una perdita di dati ed informazioni possa succedere.
Inoltre, i viaggiatori assidui, come per esempio chi viaggia spesso per motivi di lavoro, spesso apportano delle modifiche al proprio viaggio all’ultimo momento e dimenticano il biglietto originario o lo applicano ad un altro volo. In questo caso, il vecchio biglietto cartaceo potrebbe servire da semplice promemoria.
Con il suo alto grado di efficienza, il biglietto elettronico potrebbe persino rendere obsoleti alcuni lavori, come per esempio quello delle agenzie di viaggio o dei banchi di prenotazione all’aeroporto, trasformandosi spesso in causa di disoccupazione.