A Malindi il clima è tropicale caldo tutto l’anno, con una stagione fresca da giugno a settembre, quando le temperature diurne scendono sotto i 30 gradi, e una stagione calda e afosa da novembre ad aprile, con maggio e ottobre come mesi intermedi.
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In alcuni anni le piogge possono essere torrenziali e causare allagamenti e blackout elettrici, come è accaduto nel maggio del 2012.
Da luglio a settembre vi sarebbe una stagione secca, ma la prevalenza dei venti dal mare in questa stagione genera qualche temporale, soprattutto nella prima parte, cioè a luglio, quando il mare è più caldo.
