Situato sulla foce del fiume Galana che sfocia nell’Oceano Indiano a Malindi Bay, il centro commerciale è un porto naturale.
Malindi crebbe fino a rivaleggiare con Mombasa come un importante centro commerciale.
Come altre città situate lungo la costa dell’Oceano Indiano del Kenya, Malindi sperimenta un tipo di clima tropicale con due stagioni delle piogge in un anno.
La città sperimenta forti precipitazioni tra i mesi di marzo e giugno, con la quantità di pioggia che varia tra i 350 e 400 mm. La città speriemnta anche brevi piogge tra i mesi di ottobre e dicembre. Malindi è generalmente caldo e umido con temperature comprese tra 28 gradi centigradi di notte e fino a 35 gradi centigradi durante il giorno.
Malindi è facilmente accessibile dalla strada dalla città di Mombasa, che trova a 120 chilometri di distanza. La strada Mombasa-Malindi è ben tenuta e si può accedere con i mezzi pubblici “matatus” e autobus pendolari. Furgoni Tour sono anche caratteristica comune sulla strada, il trasporto di turisti da e per hotel Mombasa e altri luoghi.
Malindi è generalmente un luogo sicuro e protetto. In un’epoca in cui le altre zone della regione costiera del Kenya come Mombasa città e la città di Lamu hanno avuto problemi di sicurezza provocati da militanti del fuorilegge Somalia, Malindi ha continuato ad essere una destinazione sicura per i turisti. Tuttavia, la criminalità di strada piccola non si può escludere a causa di livelli elevati di povertà.