Le principali malattie endemiche presenti in Kenya sono: amebiasi, giardia, parassitosi intestinale, tifo, epatite A, schigellosi, malaria e colera. Le malattie endemiche più rare sono la bilarzia e la tripanosomiasi (malattia del sonno).
La malaria è presente nella zona costiera, nelle aree prossime al Lago Vittoria e in alcuni parchi, soprattutto durante la stagione delle piogge (marzo-giugno, ottobre-novembre) e immediatamente dopo.
Si consiglia in ogni caso, dietro parere medico, una profilassi preventiva e, qualora si dovessero manifestare sintomi quali febbre alta, dolori alle ossa o influenza in generale, di rivolgersi immediatamente ai medici locali per un’eventuale e specifica terapia antimalarica evitando di ricorrere ad antibiotici generici.
